大棚蔬菜有的一年种植两茬，有的一年种植一茬，换茬之间都会有一个短暂的休整过程，其中对棚室和土壤进行消毒是很重要的工作。
首先冬季或者早春季节换茬时，通常不进行闷棚。拉秧后要及时消除残茬枯叶及田间、四周杂草，深翻晒白，每亩施生石灰100-150kg与耕作层混匀，以消灭病菌、增加土壤钙质，然后底肥、熏棚、定植。
其次在夏季高温季节换茬时，棚膜完成修缮或者更换后最好高温高湿闷棚20-30天。棚内先大水漫灌，然后在地面上覆盖上旧棚膜，最后关闭风口，密闭棚室，进行闷棚。晴天棚内土壤温度能够达到70℃以上，可以杀死大部分的虫卵和病菌。种植后大大降低粉虱、蚜虫、蓟马等虫害以及霜霉病、疫病、灰霉病等病害的发生。
最后施足基肥，基肥品种以农家肥为主，辅以常用化肥、复合肥等，重在底肥，合理追肥，控制氮肥施用，禁止施用硝态氮肥。根据蔬菜品种每亩基肥施用量为有机肥10-15方，速效性化肥15-25公斤，深翻、混匀。在定植前2-3天进行药剂熏棚，主要使用百菌清烟剂和异丙威烟剂熏棚，这样定植时可以说棚内的病虫害已经很少了。
总的来说，大棚蔬菜定植前对棚室、土壤的消毒工作是非常重要的，把这项工作做细做好，种的菜才能病虫害少。
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