一是养殖业主环保意识薄弱，对养殖污染缺乏科学的管理。养殖业主对水产畜牧养殖业污染问题的严重性和防治工作的紧迫性认识不足，重养殖轻治理，未建设有与养殖相配套的排污处理设施，污水就直接排放到外面的江河中，严重影响了周边环境，没有做到环境污染治理与养殖持续发展相协调。
二是养殖业主片面追求规模，不严格执行国家的环保标准。极大部分的养殖场受利益的驱动，片面追求养殖的规模，把有限的资金全部都投入到养殖生产当中，对环境污染处理设施的投入很少，没有严格按照《畜禽养殖业污染物排放标准》的要求进行养殖污染物排放，给养殖污染治理带来了困难。
三是一些局部地方养殖过于集中，增加了污染治理的难度。江河流域、城效结合部等局部地方的养殖过于集中，排污量过大，难以治理及利用。如我区“塔山海”港城段的棚户猪场（俗称垃圾猪场），在不到一平方公里的土地上建有大大小小的养殖场十多个，排放量大，治理难度高，对“塔山海”饮用水安全造成了严重的威协。
四是养殖业污染环境防治经费不足，采取措施简单不到位。养殖业污染环境防治是一项工作难度大，资金投入多的工作。养殖业主有心无力，只能建设一些面积小的沼气池、化粪池等处理设施，污水经简单处理后就直接排出外面，造成了很大的环境污染。
