一是规范环评内容和要求，突出粪便养分综合利用，保障农田利用合理合法。环境影响评价是畜禽养殖场废弃物处理利用技术模式选择、设施建设和运行管理的依据，依法开展环境影响评价是养殖企业的法律责任。但由于我国畜禽规模养殖环境影响评价起步晚，以前的环评主要从污染治理、而不是资源化利用角度开展，环评内容和要求也是参考工业污染治理方式等，致使很多养殖场依据环评报告采用工业化的污水处理办法，不仅效果差费用高、达不到环保要求,还使得本是资源的粪水成了污染物。此外，将畜禽粪水当作“污染物”进行处理达标排放，本身也不是经济可行的。
二是创新种养循环发展机制，科学测算土地承载力，实现粪便有机肥农田利用的科学化。粪便农田肥料化利用是解决畜禽养殖废弃物污染的重要手段，美国的相关法规规定，畜禽粪便不允许排放，所有规模化畜禽养殖场都必须制定畜禽粪便养分管理计划，按照粪便养分管理计划进行肥料化农田利用。即使在农田面积极为有限的荷兰，75%的畜禽粪便也是通过农田利用进行消纳，养殖企业必须按照土地承载力核算的规模进行限量饲养
三是加强财税政策支持，鼓励沼气发电和生物天然气，培育粪便能源化利用产业。厌氧发酵生产沼气是养殖污水无害化处理一个重要的技术环节，厌氧发酵在降低污水环境负荷的同时保存粪便氮磷养分、产生沼气清洁能源。畜禽粪便沼气工程和生物天然气能源利用和肥料化利用一样，尽管具有很好的环境效益和社会效益，但缺乏盈利点。沼气发电上网和按标杆电价全额收购是粪污沼气工程企业主要盈利渠道。