畜禽养殖场的消毒方法主要包括三大类：物理消毒、化学消毒和生物性消毒。
（1）物理消毒
物理消毒主要包括机械性清除、阳光及紫外线消毒和高温消毒等。
①机械性清除。用清扫、铲刮、洗刷等机械方法清除降尘、污物及被污染的墙壁、地面以及设备上的粪尿、残余饲料、废物、垃圾等。必要时舍外的表层土，也一齐清除，以减少感染疫病的机会。另外，通风可以减少空气中微粒与细菌的数量，减少经空气传播疫病的机会。
②阳光及紫外线消毒。直射阳光具有较强的消毒作用，是一种可普遍利用的天然消毒剂。一般病毒和非芽孢的菌体，在直射阳光下，只需几分钟到1小时，就能被杀死。即使是抵抗力很强的芽孢，在连续几天的强烈阳光下，反复暴晒也可变弱或被杀死。因此，利用直射阳光消毒牧场、运动场及可移出舍外、已清洗的设备与用具，既经济又简便。散射光也能将畜禽舍内的微生物杀死，但作用弱得多。阳光的灼热使水分蒸发引起的干燥亦有灭菌作用。
紫外线对微生物的作用主要有两个方面；一是可以使细菌的酶、毒素等灭活；二是紫外线能使细胞变性，进而引起菌体蛋白质和酶代谢障碍而导致微生物变异或死亡。因为这种射线穿透力甚微，只对表面光洁的物体才有较好的消毒效果，空气中的微粒能吸收很大部分紫外线，不能达到普遍灭菌的目的。紫外线对不同的微生物灭活所需的照射量不同。病毒对紫外线的抵抗力更大一些。
③高温消毒。高温消毒主要有火焰、煮沸与蒸汽三种形式。火焰可用于直接烧毁一切被污染而价值不大的用具、垫料及剩余饲料等。对铁制设备及用具、土墙、砖墙、水泥墙缝等均可用此方法，木制工具表面也可用烧烤的方法消毒。由于火焰喷射器靠短暂高温来消毒，效果难以保证。而煮沸与蒸汽消毒效果比较好，主要消毒衣物和器械。
（2）化学消毒法
消毒药的作用机理：一是药物为菌体细胞壁所吸收，破坏菌体壁；二是药物渗入细胞的原生质或与细胞中一个或一个以上的成分起反应，使菌体的蛋白质变性；三是药物包围菌体表面，阻碍呼吸使之死亡。应用某些化学药物使其和微生物的蛋白质产生凝结、沉淀或变性等作用，引起细菌和病毒的繁殖发生障碍或死亡以达到消毒目的。
选用的消毒剂必须消毒力强，性能稳定，消毒时的有效浓度低；易溶于水、作用速度快；毒性及刺激性小，对人、畜（禽）危害小，并对畜禽舍、器具等无腐蚀性；不易受各种物理、化学因素的影响；在畜禽产品中不易残留；价廉易得，易配制和使用。
（3）生物学（生物热）消毒法
该法是利用微生物分解有机质而释放出的生物热，温度可达60～70℃，各种病菌、病毒及虫卵等经数日即相继死亡。这是一种经济、简便、有效的粪便消毒方法，常用于对患传染病和寄生虫病的畜禽粪便的消毒。