可以混用。
克菌丹是一种保护性杀菌剂，具有一定的治疗作用。一般叶面喷雾与拌种均可，也可以用于土壤处理以及防治根部病害等
克菌丹不能与碱性药剂混用，有机磷类农药及含有锌离子的叶苗肥都不能与克菌丹混用，但克菌丹与枯草芽孢杆菌适宜混搭使用，能够显著防治作物重茬连作病害，
甲基托布津（又称甲托）广谱性内吸杀菌剂，其作用机制是在植物体内转化为多菌灵，干扰菌的有丝分裂中纺锤体的形成，影响细胞分裂，导致病菌死亡。甲基托布津能杀灭部分致使兰叶患病的真菌。
克菌丹1000倍与甲托70%粉剂800倍混合使用，习以对摘袋的果园及时进行杀菌以防黑点病。
克菌丹与甲托能混用
克菌丹混配性好：克菌丹能与目前市场上的主流杀菌剂如甲托、戊唑醇、苯醚甲环唑、多菌灵、嘧菌酯、吡唑醚菌酯、溴菌腈等几十种杀菌剂进行很好的复配。
持效期长：克菌丹持效期更长，一般持效期可达15天左右。
使用方法灵活：克菌丹由于安全性好，使用方法更加灵活，可采用拌种、喷雾、灌根、浸种、土壤消毒等多种方法
甲托杀菌剂是一种高效广谱杀毒剂，具有内吸性，毒量较低，常用于小麦、水稻、甘薯、瓜类、棉花、甜菜等作物上，可以防治麦类黑穗病、三麦赤霉病、水稻稻瘟病、枯纹病以及油菜菌核病等。