目前，杂交种种子的生产方法最为常用的是以下三种：
(1)简易制种法简易制种法又称人工去雄杂交制种法，它 是指用人工去掉雄蕊或雄花、雄株或部分花冠，再任其与父本自 然授粉或人工辅助授粉，最后从母本株上采收一代杂种种子的方 法。
原则上说，这种人工去雄杂交制种法适用于所有的有性繁殖 作物，但实际上只应用于茄类、瓜类、菠菜等作物上。 人工去雄 制种法的这种局限性主要与去雄授粉的难易程度、种子生产成 本、繁殖系数以及种子纯度（杂交率）有关。
雌雄异株的异花授粉作物（如菠菜）目前一般是可以采用拔 雄株的方式生产杂种种子，即将选好的两个亲本种植于同一隔离 区内，在雌雄株可辨时将母本系。内的全部开雄花株拔除，再任其 自然杂交，以后从母本株上采收杂种种子。
瓜类蔬菜这种雌雄同株异花的异花授粉作物，在杂种种子的生 产上主要采用人工卡花（使其无法正常开放）并人工授粉的方式。 其中甜瓜多为雄花、两性花同株，需对母本的两性花去雄后授粉。
属于自花（或常异花）授粉的茄类，目前最常用的杂交制种 方法也是人工去雄杂交法，在蕾期将母本花朵的雄蕊去除后用父 本的花粉进行授粉，然后从母本杂交果中获得杂交种子。 雌雄同花的异花授粉蔬菜（如大多数的十字花科蔬菜）由于 花器较小、单果种子数少，采用人工杂交的结果率低、种子成本 高，一般不宜采用。
但目前国内在花椰菜杂种种子的生产上，作 为一种过渡形式，采用人工剥蕾授粉生产杂种种子。
(2)利用自交不亲和系制种法自交不亲和性是指两性花植 物的雌雄两性器官及其配子在形态和功能上均正常，在不同的基 因型（品种）间授粉能正常结子，但花期自交不能结子或结子率 极低的现象。
利用自交不亲和的单株经过蕾期授粉获得的后代株 系，如果在系内株间交配也不亲和，则这样的株系即是自交不亲 和系。目前，甘蓝、大白菜、青花菜等蔬菜作物主要是利用自交 不亲和系生产一代杂种种子。
利用自交不亲和系生产杂种种子应在隔离区内进行。父母本 宜采用隔行种植，父母本的植株比一般为1 : 1。 在杂种种子的 生产上应注意选择适宜的制种地区，并调节父母本的花期，使之 有较长的花期相遇时间，有条件的地区可在制种田内放养蜜蜂， 以提高杂种种子产量。
。由于自交不亲和系亲本自己不能自交繁 殖，所以，植株上采收的种子就是两个亲本彼此杂交形成的杂 交种。在利用自交不亲和系制种上，自交不亲和系的繁殖是关键之一。 十字花科蔬菜自交不亲和系原种的繁殖一般采用蕾期授粉的 方法：将自交不亲和系种株定植在温室或塑料大棚内，以便与其 他近缘作物或品种隔离，利用这种栽培设施还具有提早开花和防 雨等作用;:肩始花期开始选择大小合适的花蕾进行剥蕾（用镊子 或其他专门用具剥去花蕾上部1/3的花被，露出柱头）|并立即 用同系统的混合花粉授粉，以后从授粉株上采收自交不亲和系种 子。
一般选择开花前2-5天的花蕾授粉效果较好，从表5中可 以发现几个有规律性的结果：第一，蕾期自交结实指数（结子总 数/授粉蕾数）在不同的自交不亲和系之间存在较大的差异；第 二，不同的自交不亲和系适宜授粉的蕾龄不同，多数自交不亲和 系授粉的最佳蕾龄是开花前2-4天，但有的自交不亲和系在开 花前5天、甚至开花前6天的花蕾也具有较高的结实指数，而有 的自交不亲和系在开花前2天或开花前4天，其结实指数也较 低。
但是，对于甘蓝来说，通常情况下，强壮的枝条选用开放的 花朵以上第3-20个花蕾为宜，瘦弱的枝条选用开放的花朵以上 第3-15个花蕾为宜。