明朝时期是我国多熟种植飞速发展，复种指数空前提高的时期，对肥料的需要也大大增加，千方百计扩大肥源，增加肥料，成为这一时期发展农业生产的重要内容，肥料种类因此也不断增加，据统计，当时的肥料就有12大类，计有：
粪肥：人粪、牛粪、马粪、猪粪、羊粪、鸡粪、鸭粪、鹅粪、鸟栖扫粪、圈鹿粪等10种。
饼肥：菜籽饼、乌桕饼、芝麻饼、棉籽饼、豆饼、莱菔子饼、大眼桐饼、楂饼、猪干豆饼、麻饼、大麻饼等11种。
渣肥：豆渣、青靛渣、糖渣、果子油渣、酒糟、花核屑、豆屑、小油麻渣、牛皮胶、各式胶渣、真粉渣、漆渣等12种。
骨肥：马骨屑、牛骨屑、猪骨屑、羊骨屑、鸟兽骨屑、鱼骨灰等6种。
土肥：陈墙土、熏土、尘土、烧土、坑土等5种。
泥肥：河泥、沟泥、湖泥、塘泥、灶泥、灶千层肥泥、畜栏前铺地肥泥等7种。
灰肥：草木灰、乱柴草、煨灰等3种。
绿肥：苕饶、大麦、小麦、蚕豆、翘荛、陵苕、苜蓿、绿豆、胡麻三叶草、梅豆、拔山豆、豆、葫芦芭、油菜、肥田萝卜、黧豆、茅草、蔓菁、天蓝、红花、青草、水藻、浮萍等24种。
稿秸肥：诸谷秸根叶、芝麻秸、豆箕、麻秸等4种。
无机肥料：石灰、石膏、食盐、卤水、硫磺、砒霜、黑矾、螺灰、蛎灰、蛤灰、蚝灰等11种。
杂肥：各类禽毛畜毛、鱼头鱼脏、蚕砂、米泔、豆壳、蚕蛹、浴水洗衣灰汁等40余种。
总计约有130余种，可见明清时期我国肥料种类的丰富，其中有机肥料占绝大多数，反映了我国古代以有机肥料为主，无机肥料为辅的肥料结构特点。