二者的主要区别如下：
第一、 二者的科属种类不一样：其中紫云英是豆科黄耆属二年生草本植物；而沙苑子是豆科黄芪属的植物。
第二、 二者的外观形状不一样：其中紫云英匍匐多分枝，高可达30厘米，奇数羽状复叶，叶柄较叶轴短。托叶离生，小叶倒卵形或椭圆形，先端钝圆或微凹，基部宽楔形，上面近无毛，下面散生白色柔毛，总状花序，有花呈伞形；总花梗腋生，苞片三角状卵形，花梗短；花萼钟状，萼齿披针形，花冠紫红色或橙黄色，旗瓣倒卵形，瓣片长圆形；而沙苑子是主根圆柱状，长达1米。茎平卧，单1至多数，长20-100厘米，有棱，无毛或疏被粗短硬毛，分枝。羽状复叶具9-25片小叶。总状花序生3-7花，较叶长；总花梗长1.5-6厘米。
第三、 二者的果实及种子形状颜色不一样：其中紫云英的荚果线状长圆形，种子肾形栗褐色；而沙苑子的荚果要略膨胀，狭长圆形；种子肾形淡棕色。
第四、 二者的花期和果期不一样：其中紫云英是2-6月开花，3-7月结果；而沙苑子是7-9月开花， 8-10月结果。