可以要求相应部门就不予办理的理由予以说明，不能说明的向其上级主管机关投诉。
水产养殖证的审批程序：
1、单位和个人使用水域滩涂从事养殖生产活动的应向所在区（县）渔业行政主管部门提出申请。
2、调查踏勘：县渔业行政主管部门应根据申请者填写的申请，会同当地村委、管区办事处、乡（镇）人民政府进行现场踏勘，确认标界，核实有关材料。
3、审查报批：县渔业行政主管部门根据踏勘情况认真审查，对符合省和当地水产养殖发慌规划的，填写养殖使用权审批表，加具意见后，按申批权限逐级一报政府批准，由县级渔业行政主管部门负责填发养殖使用证，对不予受理批准的申请应说明理由。
4、归档保存：由发证机关收集有关文件、图片和资料编号填写档案卡保存。
