废水除磷涉及到的含磷废水有电镀废水、生活污水、磷化废水、煤化工废水等，每类废水中含有的磷都不同，如电镀废水中一般是次亚磷，对于次亚磷废水，传统的除磷剂无法去除，目前比较有效且常用的办法是使用次亚磷去除剂处理，在催化剂的作用下，次亚磷去除剂HMC-P3能够与次亚磷结合，形成均相共沉淀而去除。
生活污水中磷多为有机磷，有机磷去除常用生化法处理，但生化法往往达不到排放标准，故可采用生物+化学处理方法，及在生化反应后，再加次亚磷去除剂等化学药剂，能提升去除率。
磷化废水一般是正磷酸盐，这种磷比较好去除，直接采用传统除磷剂进行处理，如钙盐、铁盐、石灰等。
煤化工废水中的磷一般是由煤炭和药剂带入的磷，主要以无机磷为主，有机磷的含量很低，所常采用化学法处理。
