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茄果类青枯病、枯萎病、茎基腐病虽然有时共同发生、但是发病原因是不一样的，青枯病由细菌青枯病假单胞菌侵染引起，而枯萎病和茎基腐病则是半知菌亚门真菌、所以要真细菌结合防治。
一、三种病害的共同点。
病株白天萎蔫，傍晚复原，反复一段时间后枯死。
二、三种病害不同之处。
1、茎基腐一般在初花前发病；枯萎、青枯在中后期发病，枯萎、青枯病茎剖开，维管束变褐色，但基部不腐烂，青枯病横切病茎，用手挤压或保湿维管束会溢出白色菌液的是青枯病；茎基腐的维管束变褐且基部腐烂，枯萎病无乳白色黏液流出。
2、枯萎病茎部自下而上缢缩凹陷变褐但不腐烂；茎基腐基部变褐且腐烂；青枯病则表皮粗糙且增生不定根或不定芽。茎基腐全株枝叶打蔫，叶片全黄枯死;枯萎病是半个叶序或半边叶变黄，有的可从近地面叶序向上蔓延，除叶片完好外，其余均枯死。
3、青枯病先是顶部叶片萎蔫下垂，然后下部，最后中部叶片，死时植株仍保持绿色。青枯病经7-8天后即可死亡，发病后，土壤干燥，气温偏高，2-3天全株即凋萎。如气温较低，连阴雨或土壤含水量较高时，病株可持续1周后枯死，但叶片仍保持绿色或稍淡，而枯萎病一般需15-30天才可死亡。青枯不一定中后期发病，很多刚开花时就有表现。
三、防治方法。
1、农业防治。
选用抗病品种：科学施肥：施足基肥，勤施追肥，少施用氮肥、平衡使用磷、钾、钙、微量元素等肥料，注重有机肥料的使用。
对发病较重的田块可与葱、蒜及十字花科蔬菜实行4-5年轮作，发病重的地块可采用嫁接防病。
2、化学防治。
青枯病防治：发病初期用77%可杀得400倍液或春雷霉素750-1000倍、25%络氨铜500倍进行灌根，每株300-500克。
枯萎病防治：发病初期及时用药选用甲霜恶霉灵500倍液喷洒或20%络氨铜水剂加复硝酚钠1000倍液灌根。每隔7-10天灌根一次，共灌根3-4次，每次每株灌药液0.3-0.5升。
番茄茎基腐病防治：用53％甲霜灵锰锌、64％杀毒矾进行苗床处理。以营养钵分苗，移栽前用恶霉甲霜灵1000倍液灌根后分苗定植，幼苗发病喷75％百菌清600倍液，定植后至成株期发病，也可以喷36％甲基硫菌灵悬浮剂500倍液，也可用50％福美双600倍液喷淋茎基部、灌根。