无论是杀菌剂，还是杀虫剂等农药品种，都涉及两个问题：
一、杀菌剂的使用安全问题：这里面包括很多小问题，比如如何避免产生药害？如何减少对环境的污染？如何防止对施药人员产生毒害？
（1）如何避免作物产生药害？
其一，要注意用药作物对药剂的敏感性：对某种植物来说，并不是所有农药在其生育期内施用都会是安全的。往往一些作物会在某一段生育期或者全生育期对某些药剂存在敏感性，比如茄子对嘧霉胺（施佳乐）就存在敏感性，很可能在用药后出现叶片褐斑药害，甚至落花等，尤其是棚室内通风不良时，所以在茄子上防治灰霉病时应慎用嘧霉胺及其复配制剂。
再如梨树落花后幼果期，如果施用普通代森锰锌极易造成果锈现象，降低商品果价值。所以要避免在梨树这一敏感时期施用普通代森锰锌及其复配制剂。
又如咪鲜胺在葡萄上使用可使葡萄产生异味，从而失去食用价值。
又如嘧菌环胺在番茄、黄瓜上易产生药害，所以也要慎用。
也就是说，在选用农药品种时，必须考虑施用农药品种对该作物是否存在敏感性，只要存在这种敏感性，就要避免在敏感时期、敏感作物上使用敏感药剂。
其二注意农药品种的使用浓度，有些药剂在低浓度下对作物安全，但高浓度下就可能存在药害。有很多农户为了追求防治效果，往往加大使用浓度，结果就可能产生药害。比较常见的三唑类杀菌剂，如三唑酮、戊唑醇、丙环唑等，在使用浓度较大时，往往会抑制作物生长。
另一种情况是，虽然农药并没有超高浓度使用，但是复混品种较多，结果药液的浓度偏高，也易产生药害。一般复混使用两种或两种以上农药针对同一防治目标时，两种药剂均应使用较低浓度，而不使用单一时使用的浓度。
其三，合理复混使用。并非所有农药品种都能混用。一般来说，大多数杀菌剂是中性或偏酸性，多不能与石硫合剂丶波尔多液等碱性农药混用，一些杀菌剂也不能与铜制剂（如氢氧化铜、氧化亚铜、喹啉铜等）混用。
其四，农药的施用对施用环境都有一定要求，比如温度、湿度、露水、风力等，有些农药品种在低温环境下使用时安全，在高温时就易产生药害，比如矿物油在低温时防效良好，但高温时就可能灼伤叶片。
其五，应根据农药的品种特性决定是否可选用助剂，很多农药品种在添加有机硅、洗衣粉等助剂后会提高防治效果，但少部分农药渗透性较强，如果添加有机硅等助剂后，可能产生药害，比如嘧菌酯。所以不是所有农药品种都可以添加助剂。
在发生药害后该怎么办呢？
一般来说，在发生药害后，可以及时喷施清水等稀释叶片上残留药剂；再就是喷施碧护、芸苔素加白糖等植物生长调节剂和叶面肥；并配合施肥浇水等措施促进作物恢复生长。
（2）如何减少农药对环境的污染？
其一，根据作物病害发生情况选择适宜药剂，而不是盲目用药、胡乱用药。每个农药品种都有防治范围，对于超过防治范围的病害很可能无效，甚至有反作用。比如经过科研人员发现，吡唑醚菌酯单用不仅不能防治小麦赤霉病，反而有刺激作用。所以不建议单独使用吡唑醚菌酯防治小麦赤霉病。
其二，科学合理复混和轮换使用农药，并注意用药间隔期，减少不合理使用农药现象。一般来说，多数农药的安全间隔期在7天以上。
其三，不在大风等天气情况下用药，防止飘移性药害。
（3）如何防止药剂对施药人员产生毒害？
其一，施药人员应做好个人防护，比如戴口罩、手套，喷药过程中不吸烟、进食；有病人员，或者经期、孕期、哺乳期妇女不参加喷药等。
其二，施药器械应提前检修，防止跑冒滴漏。
其三，高温时期不宜用药，防止中暑或中毒。
其四，不随意丢弃农药包装物。
其五，用药后及时洗澡，更换服装。
作物生长发育期间，或多或少地会受到真菌，细菌，病毒，线虫等病原微生物的侵染，农民除了加强田间管理外，也得需要用化学物质来保护，治疗，铲除病害，这类对病原微生物有抑制和毒杀作用的物质，就是杀菌剂。
杀菌剂有杀菌和抑菌的作用，其作用机理主要分为抑制或干扰病菌能量的生成；抑制或干扰病菌的生物合成；对病菌的间接作用。有内吸性和非内吸性之分。
杀菌剂的使用有一定的要求，也就是说，要有一定的禁忌。第一，注意使用方法
杀菌剂有多种使用方法，有喷雾法，喷粉法，种子处理法和土壤处理法等。
喷粉法要注意杀菌剂的质量，如疏松，超细，有露水时喷粉有利于黏附等。而喷雾法的杀菌剂主要是乳油，可湿性粉剂，液剂，水分散粒剂，胶悬剂等。某些杀菌剂只可用于喷雾，而不可用于土壤处理等。这要区分清楚，注意查看使用说明。
第二，注意水质，温度等因素
配药所用的水以软水为宜，硬水不但会降低药效，还会使作物产生药害。以河水，湖水，江水等为佳。
温度越高叶片的气孔开放越大，杀菌剂喷上后容易侵入到作物体内，产生药害。同时，高温容易促进药剂的分解和农药有效成分的挥发，也容易导致人员中毒。
高温季节病害也多从叶背气孔和下部叶片侵入，同时扩散速度和抗药性也会增强。
所以高温季节使用杀菌剂，要根据病害的危害的危害特征，合理确定喷药部位，掌握最佳的喷药时机，并注重检查药效，适当更换杀菌剂，提高防效。
大多数的杀菌剂适宜的使用温度在20-30℃，温度过低不利于药效的发挥，过高则促使药剂分解，残效期短。
第三，合理混配
药物有酸碱性，有些药物间存在着混配增加药害的危险，因此，混配要注意。
发生酸碱反应的药剂不可混用，避免与含金属离子的农药混用，如甲基硫菌灵，硫菌灵可与铜离子出现络合而失效。除铜制剂外，与其他含重金属离子的制剂如铁，锌，锰等制剂混用时也要特别慎重。
同是碱性的石硫合剂和波尔多液也不可混用，否则会产生有害的硫化铜，增加铜离子的药害。
第四，注意杀菌剂的特性
杀菌剂有保护性的，有治疗性的，有铲除性的。杀菌剂又分真菌性，细菌性，病毒剂，线虫剂等。
保护性杀菌剂只可在病害没有接触到作物或侵入前使用，以保护植物不受侵染，如波尔多液，代森锌，代森锰锌，百菌清等。而作物感病后就得用治疗性的杀菌剂，以消灭侵入体内的病菌。而铲除性杀菌剂作物不宜忍受，因此主要用于作物的休眠期或用于种苗处理。
再就是要区分作物是细菌性病害，真菌性病害，还是病毒病，线虫危害等，从而正确选择杀菌剂。
选择杀菌剂时，以上几点要注意，也是我们使用杀菌剂时的禁忌。
农作物是农药的保护对象，用药不当也会伤及农作物，即药害。作物发生药害的主要原因是:
1，农药中的有效成分对某些种类的植物不安全
如苹果，梨等在幼果期使用波尔多液时，容易出现药害。豆类作物对代森铵较敏感。
2，使用技术不当
这是发生药害的主要原因。如浓度过高，湿度过大，土壤的性质，喷雾时的飘移等。
像波尔多液在多雾天，露水过大时使用就容易出现药害。而贫瘠土地上的农作物生长势弱，抗逆性差，用杀菌剂处理土壤或喷雾，就容易出现药害。
再如黄瓜，它就很容易因飘移性药物而受害，幼嫩叶扭曲不展，脆叶等疑似得了病毒病。
3，植物方面的因素
不同的植株其抗药性不同。一般来说，禾本科，蔷薇科，十字花科，茄科等作物的抗药性较强，而瓜类等葫芦科，豆科，核果类作物容易出现药害。
各种花卉的开花期对农药敏感，用药要慎重。同一种作物的不同生育期抗药性也不一样，一般幼芽期，幼苗期，花期，运穗期以及嫩叶期，幼果期对药物较敏感，容易出现药害。
有些作物对某些农药敏感，也容易发生药害，如白菜对波尔多液等含铜制剂敏感，豆类对敌敌畏敏感，误用就会发生药害。
4，农药制剂性能不良
如假冒产品，添加了一些隐性制剂，过期产品等。
5，环境因素
如温度，光照，湿度等，也会引起药害。
因此，我们在使用杀菌剂时，要遵循预防为主，综合防治的原则，对症用药，科学使用杀菌剂，防止病菌对药物产生抗药性，重视理论与实践相结合。预防药害的产生，关键在于科学，正确地掌握农药的使用方法。在使用农药之前，应仔细阅读使用说明，特别是注意事项一栏，搞清其使用对象和防治对象，使用方法，用药量，用药时间等，不明白的地方一定要仔细询问销售者，再结合药剂的特性和当地的使用习惯及使用剂量，搞清药剂的安全系数来决定最大使用剂量。