新兽药注册流程如下：
（1）新兽药注册申请人应当在完成临床试验后，向农业部提出申请，并按《兽药注册资料要求》提交相关资料。联合研制的新兽药，可以由其中一个单位申请注册或联合申请注册，但不得重复申请注册；联合申请注册的，应当共同署名作为该新兽药的申请人。
（2）申请新兽药注册所报送的资料应当完整、规范，数据必须真实、可靠。引用文献资料应当注明著作名称、刊物名称及卷、期、页等；未公开发表的文献资料应当提供资料所有者许可使用的证明文件；外文资料应当按照要求提供中文译本。
申请新兽药注册时，申请人应当提交保证书，承诺对他人的知识产权不构成侵权并对可能的侵权后果负责，保证自行取得的试验数据的真实性。
申报资料含有境外兽药试验研究资料的，应当附具境外研究机构提供的资料项目、页码情况说明和该机构经公证的合法登记证明文件。
（3）有下列情形之一的新兽药注册申请，不予受理：
① 农业部已公告在监测期，申请人不能证明数据为自己取得的兽药；
② 经基因工程技术获得，未通过生物安全评价的灭活疫苗、诊断制品之外的兽药；
③ 申请材料不符合要求，在规定期间内未补正的；
④ 不予受理的其他情形。
（4）农业部自收到申请之日起10个工作日内，将决定受理的新兽药注册申请资料送农业部兽药审评委员会进行技术评审，并通知申请人提交复核检验所需的连续3个生产批号的样品、检验用标准物质和有关资料，送指定的兽药检验机构进行复核检验。
申请的新兽药属于生物制品的，必要时，应对有关种毒进行检验。
（5）兽药复核检验包括样品检验和兽药质量标准复核。
（6）从事兽药复核检验的兽药检验机构，应当符合兽药检验质量管理规范。申请兽药注册所需的3个生产批号的样品，应当在取得《兽药GMP证书》
的车间生产。每批的样品应为拟上市销售的3个最小包装，并为检验用量的3〜5倍。
（7）兽药检验机构进行兽药质量标准复核时，除进行样品检验外，还应当根据该兽药的研究数据、国内外同类产品的兽药质量标准和国家有关要求，对该兽药的兽药质量标准、检验项目和方法等提出复核意见。
（8）兽药检验机构在接到检验通知和样品后，应当在90个工作日内完成样品检验，出具检验报告书；需用特殊方法检验的兽药应当在120个工作日内完成。
（9）需要进行样品检验和兽药质量标准复核的，兽药检验机构应当在120个工作曰内完成；需用特殊方法检验的兽药应当在150个工作日内完成。
农业部兽药审评委员会应当自收到资料之日起120个工作日内提出评审意见报送农业部。
评审中需要补充资料的，申请人应当自收到通知之日起6个月内补齐有关数据；逾期未补正的，视为自动撤回注册申请。
（10）兽药检验机构应当在规定时间内完成复核检验，并将检验报告书和复核意见送达申请人，同时报农业部和农业部兽药审评委员会。
初次样品检验不合格的，申请人可以再送样复核检验一次。
（11）农业部自收到技术评审和复核检验结论之日起60个工作日内完成审查；必要时，可派员进行现场核查。
审査合格的，发给《新兽药注册证书》，并予以公告，同时发布该新兽药的标准、标签和说明书。不合格的，书面通知申请人。
（12）新兽药注册审批期间，新兽药的技术要求由于相同品种在境外获准上市而发生变化的，按原技术要求审批。