由于菌种在种子罐中的培养时间较短，使种子的质量不容易控制，因为可分析的参数不多。
一般，在培养过程中要定期取样，测定其中的部分参数来观察基质的代谢变化以及菌体形态是否正常。
例如酒精酵母的种子罐，一般定时测酸度变化、还原糖含量、耗糖率、镜检等，镜检内容包括测酵母细胞数、酵母出芽率、酵母形态（整齐、大小均匀、椭圆形或圆形）、是否有杂菌等。
影响发酵种子因素有：原材料质量 ;培养条件;斜面冷藏时间;
在发酵过程中,种子的质量因素的好与坏对发酵过程产生重要影响。有了优质的种子,才能在发酵过程中产生大量的代谢产物,收获更多的目标产品,并在生产中能缩短反应时间