水产养殖用微生物制剂主要包括：光合细菌、芽孢杆菌、硝化细菌、反硝化细菌、粪链球菌等，根据不同的养殖品种、季节、水质和用途，用不同的微生物制剂；最常用的是光合细菌，外用可改善水质，拌饲能提供营养，还能改善养殖动物肠道微生物组成，提高抗病力；一般而言，水质过肥用芽孢杆菌、硝化细菌、光合细菌较好；残饵较多用芽孢杆菌、粪链球菌效果不错；三氮含量高用反硝化细菌效果好；亚硝酸盐含量高，应使用硝化细菌。通常我们购买的产品均含多种有益微生物，但不同的产品在使用效果上各有侧重，海水养殖上使用芽孢杆菌还要根据养殖品种选择具体所含菌种。
